【第四巻『関ケ原の章』の時代背景】
物語は慶長四年（１５９９年）の新興都市・江戸の暗闘から、慶長五年（１６００年）の「会津征伐（直江状）」、下野国での「犬伏の別れ」、徳川秀忠軍三万八千を信濃上田で足止めした「第二次上田合戦」、そして天下分け目の「関ケ原の戦い」から紀州高野山・九度山への配流へと至る激動の頂点を描きます。
天下の覇権を狙う徳川家康と豊臣の義に生きる石田三成が激突する中、真田一族は家の存続と血脈を守るため、父子兄弟が東軍と西軍に袂を分かつ究極の決断を下します。

【江戸城奥の暗闘と神田明神の奇跡】
○ 謎掛け祝詞と手弱女神楽
江戸城奥の間への登城を果たした丸山伊織一行。
神田明神の祈祷において、伊織はあえて平将門命の名を外した「謎掛け祝詞」を唱え、奥女中として潜入していた霞（出浦盛清の娘）へ連絡線の回復を合図します。
十三歳の月読が妖艶な「手弱女神楽」を披露するも、服部半蔵の嫌がらせにより全裸身体検査の屈辱を受けます。
半蔵の懐刀・素戔嗚が手弱女神楽を寸分狂わず模倣（鏡写し）して月読を震撼させますが、サスケと富澤弥次郎が救出。
神田山の山火事の罠を雨乞い巫女の蒼と結菜が鮮やかに鎮火させ、秀忠の信任を勝ち取ります。
神田明神の祭礼の夜、弥次郎は月読へ銀の三日月簪を贈り、二人の間に甘い絆が芽生えました。

【宿命の「犬伏の別れ」と小松姫の覚悟】
○ 薬師堂の密議と真田の血脈
慶長五年七月、下野国犬伏の新照寺薬師堂において歴史的な「犬伏の別れ」が決行されます。
徳川との縁を持つ信之は東軍へ、昌幸と幸村は西軍へ着くことを決断。
それは真田信綱直系の血脈（清音の産んだ源太郎・信吉）を後世に残すための苦渋の生存戦略でした。

○ 沼田城の小松姫と母子の別れ
上田への帰途、昌幸と幸村は沼田城へ立ち寄りますが、武装した正室・小松姫が渡り櫓から入城を拒絶。
城下の正覚寺にて孫の源太郎らと対面させ、「もし父の敵となったならば祖父や叔父であっても討て」と覚悟を語ります。
清音は涙を飲んで我が子・源太郎と別れ、昌幸らとともに決戦の上田城へと向かいました。

【第二次上田合戦──三千対三万八千の奇策】
○ 泥酔千鳥足と素戔嗚のバグ
中山道を西上する徳川秀忠の主力軍三万八千に対し、上田城の真田兵はわずか二千五百余。
小諸城へ「潜りくノ一（お鎌、清音、月読）」を送り込み、酒樽と大宴会作戦で秀忠の時間を削り取ります。
脱出の際、素戔嗚の絶対コピー能力「鏡写し」に対し、酒酔いの月読が不条理な「泥酔・千鳥足」で対峙。
重力と合性を無視した動きで素戔嗚の解析をフリーズさせて頭突きを命中させ、窮地を脱します。

○ 神避る落花と官民一体の迎撃戦
砥石城での兄弟対決において、信之を庇って被弾し重傷を負った幸村。
その死を恐れた紫苑は自ら巫女の結界を破り、生命力を注ぎ込んで幸村を蘇生させます（神避る落花）。
城下町では祢津神平や出浦盛清が張り巡らせた「葛の蔓」が敵の足をすくい、民衆や女子どもが屋根の上から煮え湯や丸太、瓦礫を投下して徳川兵を蜂の巣にします。
さらにサスケがボス猿・伊佐丸率いる数百匹の猿の群れを指揮して奇襲する「流石の猿飛」、筧十蔵と月読が角に火を点けた牛の群れを突撃させる「火牛の計」が炸裂し、秀忠軍は大恐乱に陥りました。

○ 木曽川決壊と秀忠の大遅参
木曽谷へ急行した横谷左近、宇受女、蒼、結菜ら。
幸村との約束の金平糖を口にした巫女姉妹が「塩盈珠」を掲げて豪雨を呼び起こし、木曽川の懸け橋を叩き流して進路を完全に寸断。
これにより秀忠軍三万八千は関ケ原の決戦に決定的な大遅参を喫することとなりました。

【憑坐の対決と九度山への旅立ち】
○ 関ケ原敗北と「憑坐の生き口」
慶長五年九月十五日、関ケ原の戦いは西軍の壊滅で幕を閉じます。
敗報に愕然とする上田城内において、霧隠才蔵はお花の異変から、江戸の盲目巫女・於市がお花の身体を遠隔乗っ取り（憑坐の生き口）して徳川へ情報を流していた恐るべき真相を看破。
才蔵がお花の急所を一刺しして仮死状態に追い込むことで、江戸にいる於市の本体へショックが逆流し、於市は内臓破裂を起こして絶命。
お花は無事に正気を取り戻しました。

○ 小松姫の決死の命乞いと高野山配流
関ケ原を制した家康に対し、信之と本多忠勝が必死の助命嘆願を行います。
小松姫は「昌幸・幸村様を処刑するなら夫・信之が腹を切り、私も喉を突く」と実父・忠勝を決死の覚悟で脅迫。
この修羅の矜持に打たれた家康により、死罪は免ぜられ「紀州高野山への配流」が決定します。
祢津の巫女道場は解散となり、宇受女は左近の胸へ飛び込んで同行を決意。
高野山蓮華定院へ入った一行ですが、紫苑の懐妊（幸村の子）が判明。
昌幸らは「真田は妖術使いだ」と噂を流させ、女人禁制と怨霊退散を理由に山を下り、麓の九度山村へ住居を移すことに成功します。
過酷な乱世を駆け抜けた者たちの誇りを胸に、物語は「大阪の陣」へ向けて動き出します。